Conosciuto anche come convento dei Cappuccini, fu fondato circa nel 1632 dal duca Francesco I d'Este ma soprattutto per la volontà di suo padre Alfonso III duca di Modena, noto come Padre Giambattista d'Este.
Alfonso III, infatti, aveva abdicato al trono quattro anni prima della costruzione del convento per prendere i voti come frate cappuccino in seguito alla scongiura di cambiare i suoi costumi licenziosi fatta dalla moglie, Isabella di Savoia, sul letto di morte.
Il convento era annesso alla chiesa e fu completato in quasi quattro anni.
All'interno erano custodite la tela intitolata “Sposalizio della Vergine” di Guido Reni, il “San Francesco che riceve la stimmate” del Guercino e il “Riposo in Egitto” di Annibale Carracci che purtroppo ora sono andate disperse. E' invece presente il monumento funebre in ricordo di padre Giambattista D'Este.
Il complesso, che subì in seguito depredazioni durante il governo Cisalpino, al visitatore oggi si presenta restaurato.